Guanidin ist kein häufig verschriebenes Medikament. Es hat einen begrenzten Nutzen bei der Behandlung von Myasthenia gravis, einer seltenen neuromuskulären Erkrankung, die durch Muskelschwäche gekennzeichnet ist.
In solchen Fällen wurde Guanidinhydrochlorid früher bei Myasthenia gravis eingesetzt, wurde jedoch durch eine andere, wirksamere Therapie (z. B. Mestinon) ersetzt.