Darüber hinaus wären die Basenpaarungsregeln anders, wenn Purine nur mit Pyrimidinen gepaart würden. Anstelle der Watson-Crick-Basenpaare A-T und G-C hätten wir A-C- und G-T-Paare. Diese Paare wären nicht so stabil wie die Watson-Crick-Paare und es wäre wahrscheinlicher, dass sie auseinanderbrechen. Dies würde die DNA weniger stabil und anfälliger für Mutationen machen.
Insgesamt würde das Desoxyribose-Zuckerphosphat-Rückgrat der Nukleotidketten ganz anders aussehen, wenn Purine nur mit Pyrimidinen und Pyrimidine nur mit Pyrimidinen gepaart würden. Die Nukleotidketten wären ungleichmäßig, die Basenpaarungsregeln wären unterschiedlich und die DNA wäre weniger stabil.
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