Andererseits findet der anaerobe Stoffwechsel bei Abwesenheit von Sauerstoff oder bei unzureichender Sauerstoffversorgung statt. Dieser Prozess umfasst in erster Linie den Abbau von Glukose durch Glykolyse, jedoch ohne den vollständigen Krebszyklus und die Elektronentransportkette. Der anaerobe Stoffwechsel erzeugt ATP weniger effizient und produziert im Vergleich zum aeroben Stoffwechsel weniger ATP-Moleküle pro Glukosemolekül.
Um diesen Unterschied zu veranschaulichen, kann ein Glukosemolekül während der aeroben Atmung potenziell bis zu 36–38 Moleküle ATP erzeugen. Im Gegensatz dazu können bei anaerober Atmung (z. B. Fermentation) maximal 2 Moleküle ATP pro Glukosemolekül produziert werden, was deutlich weniger ist.
Daher hat der aerobe Stoffwechsel im Vergleich zum anaeroben Stoffwechsel eine größere Energiegewinnungskapazität und produziert eine höhere Nettoausbeute an ATP.
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