Bei der Desinfektion handelt es sich um einen Prozess zur Beseitigung fast aller pathogenen Mikroorganismen, mit Ausnahme von Bakteriensporen, auf unbelebten Gegenständen und Oberflächen. Durch die Desinfektion werden nicht unbedingt alle Mikroorganismen abgetötet, insbesondere nicht resistente Bakteriensporen. Sie ist weniger gründlich als die Sterilisation, die darauf abzielt, alle Arten von Leben zu zerstören. Viele Desinfektionsmethoden sind gegen die meisten bekannten Krankheitserreger wirksam, versagen jedoch gegen einige Mikroorganismen wie Prionen.
Beispiele für die Desinfektion sind kochendes Wasser, Alkohol, UV-Licht und chemische Mittel wie Bleichmittel. Im Gegensatz zur vollständigen Eliminierung von Mikroorganismen durch Sterilisationsverfahren ist die Desinfektion im Allgemeinen gegen Bakteriensporen wirkungslos.