Magenkrebs kann in jedem Teil des Magens entstehen, am häufigsten beginnt er jedoch in der Magenschleimhaut. Die Magenschleimhaut besteht aus mehreren Zellschichten, darunter der Schleimhautschicht, der Submukosaschicht und der Muscularisschicht. Magenkrebs kann in jeder dieser Schichten entstehen, am häufigsten beginnt er jedoch in der Schleimhautschicht.