Pestärzte wurden für ihre Dienste bezahlt. Sie waren in der Regel bei der örtlichen Regierung oder einem wohlhabenden Gönner angestellt. Der Betrag, der ihnen gezahlt wurde, variierte je nach Ort und Schwere des Pestausbruchs. In einigen Fällen erhielten Pestärzte ein festes Gehalt, in anderen erhielten sie ein Honorar für jeden Patienten, den sie behandelten. Zusätzlich zu ihrem Gehalt oder Honorar erhielten Pestärzte häufig weitere Leistungen wie kostenlose Unterkunft, Verpflegung und Kleidung.