Wie Sequence zu konvertieren Fasta

Ein gemeinsames Ziel in der medizinischen Forschung beinhaltet Identifikation von Fehlern oder Mutationen in der DNA- Sequenz, die genetische verwandte Erkrankung verursachen können. Technik und Informatik haben die genetische Forschung vorgeschoben, um ein Niveau, wo Tausende von Sequenzdaten gleichzeitig analysiert werden können . Eine Festlegung von neuer Software ist vor Umwandlung von Sequenzdaten in FASTA -Format. FASTA ist ähnlich wie einfache Textformat. Es können mehrere Stücke von Daten in einer einzigen Datei zusammengefasst und beschleunigt Analyse . Die meisten Instrumente erzeugen Sequenzdateien im Textformat. Konvertieren von Text in FASTA -Format ist ein einfaches Verfahren, mit Text- Editor-Software . Was Sie

Computer- Text -Editor-Programm benötigen
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1 Öffnen Sie die DNA-Sequenz bezeichnet Textdatei mit Textbearbeitungsprogramm . Dies würde Text-Editor für Macintosh und Notizblock für Windows-kompatible Systeme. Originalsequenz Textdateien könnte eine Alternative Erweiterung wie seq für Daten auf einem Applied Biosystems automatisierten genetischen Analysegerät erzeugt.
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Beginnen Sie die erste Zeile , indem Sie > gefolgt von einer Sequenzkennung . Das größer als Symbol bezeichnet FASTA Format für Programme, die FASTA Daten zu analysieren. Es gibt keine spezifischen Vorschriften für die Kennung , solange es keine Leerzeichen . Ein Beispiel für eine akzeptable Eintrag für die erste Zeile ist > Cat_Isomerase_Exon3 .

3 Drücken Sie die "Return" -Taste, um einen Zeilenumbruch zu erstellen und beginnen, die zweite Zeile .
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Sequenzdaten auf der Linie zwei Start . Leitlinien FASTA -Format benötigen DNA Textdaten folgende International Union of Pure and Applied Chemistry, IUPAC , Codes . Jede Linie ist auf 80 Zeichen, die 80 DNA- Basen und können Groß-oder Klein sein . Eine akzeptable Eintrag einschließlich gemischte Basen AGCTTCGTGG ... CVTGCGTTGT .
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Drücken Sie die "Return" -Taste, um die nächste Zeile der Sequenzdaten beginnen. Jede Zeile sollte von 80 Basen von der IUPAC -Code darstellen lassen .

6 Speichern Sie die Datei mit der Dateierweiterung TXT oder angemessen FASTA -Dateierweiterung . Programme, die FASTA formatierte Daten zu verarbeiten, benötigen oft eine FASTA- spezifische Erweiterung wie fsa , fna , ffn oder frn .