Stubenfliegen können Überträger von Krankheiten wie Typhus, Cholera, Ruhr und Tuberkulose sein. Sie können auch Myiasis verursachen, eine Erkrankung, bei der Fliegenlarven das lebende Gewebe von Menschen und Tieren befallen. Auch Stubenfliegen können lästig sein, da sie Lebensmittel und Getränke verunreinigen und Menschen und Tiere beißen können.