Die in einer Schilddrüsenzyste gefundene Flüssigkeit ist typischerweise eine klare oder strohfarbene Flüssigkeit, die dünn und wässrig oder dicker und viskoser sein kann. Aufgrund der Anwesenheit von Blut oder Hämosiderin (einem Abbauprodukt von Hämoglobin) kann es manchmal einen bräunlichen oder rötlichen Farbton haben. Die Flüssigkeit kann auch Protein, Cholesterin und andere Zellbestandteile enthalten. In einigen Fällen kann die Zystenflüssigkeit aufgrund des Vorhandenseins von Entzündungszellen oder Ablagerungen trüb oder trüb sein.