Obwohl CT-Gehirnscans nicht routinemäßig bei der Diagnose von Migräne eingesetzt werden, können sie beim Ausschluss anderer potenzieller Ursachen für Kopfschmerzen wie Kopfschmerzen, Blutungen, Tumoren oder anderen strukturellen Anomalien hilfreich sein. In bestimmten Situationen kann eine CT-Untersuchung des Gehirns angeordnet werden, wenn die Migränesymptome schwerwiegend oder atypisch sind, wenn neue oder fortschreitende neurologische Symptome vorliegen oder wenn Bedenken hinsichtlich möglicher zugrunde liegender struktureller Anomalien bestehen. Darüber hinaus können CT-Gehirnscans bei der Beurteilung von Migränekomplikationen wie einer zerebralen Venenthrombose oder einem posterioren reversiblen Enzephalopathiesyndrom (PRES) hilfreich sein.