Im späten 19. Jahrhundert, während eines Pestepidemieausbruchs in Hongkong, war Yersin Teil eines Teams, das die Krankheit untersuchen sollte. Dort arbeitete er eng mit dem französischen Bakteriologen Paul-Louis Simond zusammen.
In dem provisorischen Labor, das in einem chinesischen Tempel eingerichtet war, gelang es Yersin, das für die Pest verantwortliche Bakterium zu isolieren, das er Bacillus pestis nannte. Er zeigte auch die Rolle des Flohs bei der Übertragung auf. Yersins Erkenntnisse revolutionierten das Verständnis und die Behandlung der Krankheit und legten den Grundstein für die Entwicklung von Impfstoffen und Antibiotika.
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