Bei der Verwendung von Indikatororganismen zur Beurteilung der Wasserqualität gibt es zwei Schwierigkeiten. Erstens bedeutet das Fehlen von Indikatororganismen nicht unbedingt das Fehlen von Krankheitserregern. Dies kann der Fall sein, wenn mehrere Krankheitserreger vorhanden sind, die von den Indikatororganismen nicht erkannt werden, oder wenn die Indikatororganismen zum Zeitpunkt der Probenahme nicht vorhanden sind. Zweitens bedeutet das Vorhandensein von Indikatororganismen nicht unbedingt das Vorhandensein von Krankheitserregern. Dies kann auftreten, wenn die Indikatororganismen nicht direkt mit dem betreffenden Krankheitserreger in Verbindung stehen oder wenn die Indikatororganismen gegenüber den Umweltbedingungen resistenter sind als der interessierende Krankheitserreger.
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