Wie hängen HICV und Verwandte zusammen?

Diese Techniken messen die Häufigkeit physikalischer Interaktionen zwischen verschiedenen Regionen des Genoms und liefern Einblicke in die Chromatinstruktur höherer Ordnung und weitreichende regulatorische Interaktionen. Hier sind einige häufig verwendete Hi-C- und verwandte Techniken:

1. Hi-C (Hochdurchsatz-Chromatin-Konformationserfassung):

Dies ist die ursprüngliche und am weitesten verbreitete Hi-C-Technik. Dabei werden interagierende Chromatinsegmente vernetzt, die DNA fragmentiert und anschließend die DNA-Fragmente miteinander verbunden. Die ligierten Fragmente werden dann sequenziert und die resultierenden Daten werden verwendet, um eine genomweite Interaktionskarte zu erstellen.

2. 5C (Erfassung der kreisförmigen Chromosomenkonformation):

Diese Technik ähnelt Hi-C, verwendet jedoch eine andere Methode zur Bibliotheksvorbereitung, die zu zirkularisierten DNA-Fragmenten führt. Die Zirkularisierung ermöglicht eine effizientere Erfassung weitreichender Wechselwirkungen und kann in bestimmten Regionen des Genoms Daten mit höherer Auflösung liefern.

3. ChIA-PET (Chromatin-Interaktionsanalyse durch Paired-End-Tag-Sequenzierung):

Diese Technik kombiniert Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) mit Hi-C, um die weitreichenden Wechselwirkungen zu identifizieren, die mit bestimmten Proteinen oder Histonmodifikationen verbunden sind. Damit lassen sich die Wechselwirkungen spezifischer Transkriptionsfaktoren oder anderer regulatorischer Proteine ​​mit ihren Zielgenen abbilden.

4. PLAC-seq (Proximity Ligation-Assisted Chromatin Sequencing):

Diese Technik nutzt Proximity-Ligation, um interagierende DNA-Fragmente vor der Sequenzierung einzufangen. Es ermöglicht die Erkennung von Wechselwirkungen mit einer höheren Auflösung im Vergleich zu herkömmlichen Hi-C-Methoden und kann Informationen über die Ausrichtung interagierender Sequenzen liefern.

5. Hi-C erfassen:

Diese Technik verwendet biotinylierte RNA-Sonden, um Interaktionen zwischen bestimmten interessierenden Genomregionen anzureichern. Durch die Entwicklung von Sonden, die auf bestimmte Loci abzielen, ermöglicht Capture Hi-C eine gezielte Analyse genomischer Interaktionen auf regionalspezifische Weise.

Jede dieser Techniken liefert wertvolle Informationen über die dreidimensionale Organisation des Genoms und hat zu unserem Verständnis der Genregulation, der Chromatindynamik und der Kernarchitektur beigetragen. Die Wahl der Technik hängt oft von der konkreten Forschungsfrage und dem gewünschten Grad an Auflösung und Kartierbarkeit ab.