Darüber hinaus verfügen Männer nur über eine Kopie des FMR1-Gens, das für die Produktion eines Proteins verantwortlich ist, das für eine normale Entwicklung notwendig ist. Wenn dieses Gen mutiert ist oder fehlt, leiden Männer am Fragile-X-Syndrom. Frauen hingegen haben möglicherweise ein mutiertes FMR1-Gen und verfügen immer noch über die andere Kopie, um das notwendige Protein bereitzustellen, was die Wahrscheinlichkeit der Entwicklung des Syndroms verringert.
Das Fragile-X-Chromosom ist bei Männern eher instabil und bricht als bei Frauen, was zur vollständigen Mutation führt, die das Fragile-X-Syndrom verursacht.
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