Führt eine Mutation nicht zu einer Veränderung der Aminosäuresequenz, spricht man von einer stillen Mutation und hat keine Auswirkung auf das Protein. Dies kann auftreten, wenn die Mutation das Codon nicht verändert oder wenn sie das Codon in ein Codon ändert, das für dieselbe Aminosäure kodiert.
Darüber hinaus ist die Wahrscheinlichkeit geringer, dass Mutationen in nicht-kodierenden Regionen wie Introns oder intergenen Regionen schädlich sind, da diese Regionen nicht direkt an der Proteinsynthese oder -regulation beteiligt sind.
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