In manchen Fällen sind Pilze mit bloßem Auge erkennbar. Größere Pilze wie Champignons, Puffballs und Schelfpilze sind ohne Vergrößerung gut sichtbar. Viele Pilze sind jedoch mikroskopisch klein und erfordern zur Beobachtung ein Mikroskop. Dazu gehören Hefen, Schimmelpilze und viele Arten von Pflanzenpathogenen.