Nicht alle Antigene sind Immunogene. Ein Immunogen ist ein Antigen, das eine Immunantwort auslösen kann, während ein Antigen jede Substanz ist, die vom Immunsystem erkannt wird. Einige Antigene sind nicht immunogen, weil sie entweder nicht vom Immunsystem verarbeitet werden können oder weil sie nicht über die notwendigen molekularen Strukturen verfügen, um eine Immunantwort auszulösen. Beispielsweise sind einige Polysaccharide Antigene, aber nicht immunogen, während einige Proteine sowohl Antigene als auch Immunogene sind.