Magensäure, eine stark saure Lösung im Magen, zielt hauptsächlich auf den Abbau von Proteinen ab. Proteine, wesentliche Bestandteile lebender Organismen, sind große Biomoleküle, die aus Aminosäuren bestehen, die durch Peptidbindungen miteinander verbunden sind. Das stark saure Milieu der Magensäure, das durch die Sekretion von Salzsäure (HCl) entsteht, denaturiert die Proteine und stört ihre strukturelle Integrität. Dadurch wird die Proteinstruktur geschwächt und anschließend können sie durch Enzyme, sogenannte Proteasen, in kleinere Fragmente zerlegt werden. Proteasen wirken durch Hydrolyse von Peptidbindungen und erleichtern so die Verdauung von Proteinen in einzelne Aminosäuren oder kleine Peptide. Diese resultierenden kleineren Moleküle können dann im weiteren Verdauungstrakt problemlos absorbiert werden.
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