Lysosomen spielen eine wichtige Rolle im Prozess der zellulären Verdauung. Wenn eine Zelle Nahrung aufnimmt, wird diese zunächst durch die Enzyme in den Lysosomen in kleinere Moleküle zerlegt. Die entstehenden Moleküle werden dann von der Zelle aufgenommen und zur Energiegewinnung oder zum Aufbau neuer Zellstrukturen genutzt. Lysosomen spielen auch beim Zelltod eine Rolle. Wenn eine Zelle stirbt, platzen ihre Lysosomen und setzen ihre Verdauungsenzyme frei, die den Zellinhalt zersetzen. Dieser Vorgang wird Autolyse genannt.
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