Das Pepsin, das in den Dünndarm gelangt, wird durch den alkalischen pH-Wert des Dünndarms inaktiviert. Pepsin ist eine saure Protease, die im sauren Milieu des Magens optimal funktioniert. Wenn es in den Dünndarm gelangt, der einen pH-Wert von etwa 8 hat, verliert es seine Aktivität und ist nicht mehr in der Lage, Proteine abzubauen. Die Bauchspeicheldrüse sondert auch Bikarbonationen in den Dünndarm ab, was zusätzlich dazu beiträgt, den sauren Speisebrei zu neutralisieren und eine Umgebung zu schaffen, die für die anderen Verdauungsenzyme, wie Pankreas-Proteasen und Lipasen, besser geeignet ist.
