Die Endprodukte der Proteinverdauung sind Aminosäuren. Proteine sind große Moleküle, die aus Ketten von Aminosäuren bestehen. Während der Verdauung werden diese Proteine durch Enzyme wie Pepsin, Trypsin und Chymotrypsin in immer kleinere Peptide zerlegt. Diese Peptide werden dann durch Enzyme wie Carboxypeptidasen und Aminopeptidasen weiter in einzelne Aminosäuren zerlegt. Diese Aminosäuren werden dann in den Blutkreislauf aufgenommen und können zur Synthese neuer Proteine oder anderer Moleküle verwendet oder zur Energiegewinnung weiter abgebaut werden.