Die Hauptverdauungsfunktion im Magen ist die Eiweißverdauung. Der Magen ist ein Muskelorgan, das Magensaft absondert, der Salzsäure und das Enzym Pepsin enthält. Salzsäure erzeugt im Magen ein saures Milieu, das Bakterien abtötet und Proteine denaturiert, wodurch sie anfälliger für die Verdauung durch Pepsin werden. Pepsin ist eine Protease, die Proteine in kleinere Peptide zerlegt und so den Prozess der Proteinverdauung einleitet.
