Das Enzym, das die Proteinverdauung abschließt, ist die Peptidase. Peptidasen sind eine Klasse von Enzymen, die Proteine in kleinere Peptide und schließlich in einzelne Aminosäuren zerlegen. Sie wirken, indem sie die Peptidbindungen hydrolysieren, die Aminosäuren in der Proteinkette miteinander verbinden. Peptidasen kommen im Verdauungssystem von Tieren und Pflanzen vor und sind auch an einer Vielzahl anderer biologischer Prozesse beteiligt, beispielsweise an der Blutgerinnung und der Immunantwort.