Die chemische Verdauung, der Abbau der Nahrung durch Enzyme, beginnt in der Mundhöhle mit der Einwirkung der Speichelamylase auf Stärke. Sobald die Nahrung den Magen erreicht, trifft sie auf Magensaft, der Salzsäure und das Enzym Pepsin enthält. Die Salzsäure erzeugt ein saures Milieu, das Mikroorganismen abtötet und Proteine denaturiert, wodurch sie anfälliger für enzymatischen Abbau werden. Pepsin, eine Asparaginprotease, leitet die Proteinverdauung ein, indem es Proteine in kleinere Peptide aufspaltet.