Morbus Crohn betrifft in westlichen Ländern etwa 0,5 bis 1 % der Bevölkerung, wobei die Inzidenz in städtischen Gebieten und bei bestimmten ethnischen Gruppen etwas höher ist. Die genaue Prävalenz von Morbus Crohn variiert je nach geografischer Region, wobei Nordeuropa und Nordamerika die höchsten gemeldeten Raten aufweisen. Auch die Inzidenz scheint zuzunehmen, insbesondere in Schwellenländern.