Bei Pilonidalzysten ist die Rezidivrate nach chirurgischer Entfernung hoch, wobei die berichteten Rezidivraten in der medizinischen Fachliteratur stark schwanken, im Allgemeinen aber zwischen 10 % und 30 % liegen. Bestimmte Faktoren wie eine unvollständige Entfernung des gesamten Trakts oder Sinus, tiefe oder komplexe Beschaffenheit der Zyste, schlechte Wundheilung, Infektion, Fettleibigkeit oder übermäßige Behaarung im betroffenen Bereich können das Risiko eines erneuten Auftretens erhöhen.